消費税率が10%になったら、Shopの設定変更は必要ですか?

必要ありません。

2019年10月1日以降、Shopは自動で消費税率10%に切り替わります。

ソフトは通常のアップデートでの対応となりますので、通常通りアップデートを行い最新の状態でご利用ください。